Protein Molekylvægt Kalkulator

Kategori: Biologi
- marts 21, 2025
| |
0
Gyldig

Molekylvægten af et protein beregnes ved at summere de gennemsnitlige isotopiske masser af dets aminosyre-rester:

\[ MW = \sum (n_i \times MW_i) - (n_{peptide} \times MW_{H_2O}) \]

Hvor:

  • \(n_i\) = Antal af hver aminosyre i sekvensen
  • \(MW_i\) = Molekylvægt af hver aminosyre
  • \(n_{peptide}\) = Samlet antal peptidbindinger
  • \(MW_{H_2O}\) = Molekylvægt af et vandmolekyle (18.02 Da)

Hvad er Protein Molekylvægt Beregneren?

Protein Molekylvægt Beregneren hjælper med at bestemme molekylvægten af et protein baseret på dets aminosyresekvens eller sammensætning. Den beregner også yderligere egenskaber såsom teoretisk isoelektrisk punkt (pI), ekstinktionskoefficient, hydrofobicitet (GRAVY-score) og nettoladning ved pH 7.

Sådan bruger du beregneren

Beregneren tilbyder flere måder at indtaste proteindata på:

  • Sekvensmetode: Indtast proteinsekvensen ved hjælp af en-bogstav aminosyrekoder.
  • Sammensætningsmetode: Indtast manuelt antallet af hver aminosyre.
  • Avancerede muligheder: Anvend modifikationer såsom acetylation, disulfidbindinger eller terminale modifikationer.

Nøglefunktioner

  • Beregner molekylvægten i både Dalton (Da) og kilodalton (kDa).
  • Bestemmer teoretisk pI baseret på aminosyre pKa-værdier.
  • Beregner ekstinktionskoefficienten for UV-absorption ved 280 nm.
  • Estimerer hydrofobicitet ved hjælp af GRAVY-score.
  • Tager højde for brugerdefinerede modifikationer såsom fosforylering, methylation og amidation.

Hvorfor er Protein Molekylvægt Vigtig?

At kende molekylvægten af et protein er afgørende for:

  • Elektroforeseanalyse (SDS-PAGE, Western blotting).
  • Massespektrometri-identifikation.
  • Proteinrensning og kromatografi.
  • Strukturelle og funktionelle studier.

Ofte Stillede Spørgsmål

Hvordan beregnes det teoretiske pI?

Det isoelektriske punkt (pI) er den pH, hvor proteinet har ingen nettoladning. Det beregnes ved hjælp af Henderson-Hasselbalch-ligningen:

\[ pI = \frac{pKa_{pos} + pKa_{neg}}{2} \]

Hvad er ekstinktionskoefficienten?

Ekstinktionskoefficienten beregnes ved hjælp af antallet af tryptofan (W), tyrosin (Y) og cystin (C) rester:

\[ \varepsilon = (n_W \times 5500) + (n_Y \times 1490) + (n_C \times 125) \]

Hvordan håndterer beregneren modifikationer?

Beregneren giver dig mulighed for at anvende forskellige post-translationelle modifikationer, som tilføjes til eller trækkes fra proteinets molekylvægt.

Hvad er GRAVY-score?

Grand Average of Hydropathy (GRAVY) score er et mål for proteinets hydrofobicitet. Det beregnes som:

\[ GRAVY = \frac{\sum (Hydropathy_{AA} \times n_{AA})}{Total\ Amino\ Acids} \]

Hvorfor inkluderes vandmolekylet i beregningen?

Hver dannelse af en peptidbinding resulterer i tabet af et vandmolekyle, så den samlede masse justeres derefter.

Konklusion

Protein Molekylvægt Beregneren er et værdifuldt værktøj for forskere og studerende inden for biokemi og molekylærbiologi. Uanset om du analyserer proteinstruktur, udfører eksperimenter eller fortolker resultater, giver dette værktøj essentielle molekylære egenskaber hurtigt og præcist.